但边民都内迁以后，出现了新问题，边地地区的土地就这么白白浪费了吗，于是乎朱元璋走出第二步，在边地地区强化卫所制度，并让卫所的兵士在当地屯田，平时种地，有战事的时候就出战，寓兵于农、兵农合一，所以后来朱元璋得意地说自己养兵百万不费百姓一粒米。稳固边地以后，朱元璋又开始军事、政治、外交等手段并用，意图瓦解北元政府。洪武十三年（公元1380年）二月、洪武十四年（公元1381年）正月、洪武二十年（公元1387年）正月，朱元璋先后组织第三、第四、第五次北征，不过这几次作战不再是直扑北元中央政府，转而蚕食北元军事要地，招降北元军政大员，不断消耗北元有生力量。特别是第五次北征，盘踞在辽东近二十年的北元重臣纳哈出在明朝的恩威并施下出降，北元一下子损失了二十万大军，加上此前洪武十五年（公元1382年）明朝已经平定云南，北元朝廷左膀右臂被切断，使得形势发生了巨大变化。
朱元璋决定趁热打铁，认为“肃清沙漠，在此一举”。洪武二十年（公元1387年）朱元璋以蓝玉为征虏大将军（主帅），发动规模浩大的第六次北征。当时元昭宗已经病逝，他的弟弟（也有说是儿子）继位为帝，是为天元帝。天元帝觉得明军前不久才与纳哈出作战，粮草匮乏，不会深入北方再战，因此没有作迎敌的准备，只是将自己的老营远远迁到捕鱼儿海（今贝尔湖）之畔，每天吃好喝好，想等明军师老兵疲后主动退兵。应该说天元帝想得很好，但他忘了他的对手是蓝玉，洪武五年蓝玉曾经败于王保保之手，他做梦都想打败王保保来证明自己，虽然现在王保保已死，但蓝玉不会放弃复仇的机会，他将用北元的灭亡来证明自己的军事才能，证明他蓝玉才是如今最优秀的将领。洪武二十一年（公元1388年）四月风尘仆仆的蓝玉赶到捕鱼儿海，元军的松懈出乎他的意料，蓝玉没有多想立即对北元发起猛烈进攻，突如其来的袭击打得天元帝措手不及，除了他与长子天保奴等几十人逃脱以外，剩下的人马全部被明军俘虏，这一次北元将老底全丢光了，复兴大业再无从谈起。