耿继茂、李率泰一面厚待郑经使臣，并差员同杨来嘉等人一起入京上奏待命；一面乘郑氏叔侄争权之机，随檄水师提督施琅、提督马得功、海澄公黄梧及诸路总兵等，暂且按兵不动，要他们趁机密布间谍，挑动郑氏政权内部矛盾，使其互相猜疑，以乱人心。
与此同时，郑经也抓住招抚的空隙，将金、厦各岛事务交伯郑泰、洪旭和黄廷等调度。同年十月，他同周全斌率领舟师疾赴台湾。师至澎湖，先差礼官郑斌往台湾向当地官兵宣告：世藩亲统六师抵台奔丧，各镇官兵应分屯驻守原地。随后，郑经率军除灭了黄昭、肃拱宸等倡乱首恶，以礼宽待其叔郑袭，这样使台湾局势很快稳定下来。于是，郑经命郑省英为承天知府，颜望忠镇守安平镇，黄安提调承天府暨南北两路兵马地方军务。
同年十二月，杨来嘉从京城返回厦门，报称清廷必欲郑氏剃发登岸，然而毫无结果。
康熙二年(1663)正月，郑经偕同周全斌、陈永华与冯锡范等率亲军五总旗下兵丁共四千余人，战船九十余艘，自台湾返回厦门。诸将都来迎接，唯有伯郑泰在金门称疾没来。原来，郑经曾于黄昭营中搜出郑泰勾结黄昭图谋篡权的亲笔密信数封，郑经虽然将密信暗藏起来，不露风声，但郑泰心中有鬼。这时，周全斌向郑经献计说：“彼船只倍多，未可轻举，急则变矣!不如用香饵法饵之。”郑经忙问：“何谓香饵?”周全斌不慌不忙地答道：“藩主可假言向泰宣称台湾新创，地方无人约束，恐怕发生意外，决意将眷属搬往台湾安插，然后西向，金、厦两岛只好暂交伯总制，这样，泰必安心。”郑经点头称好。六月，郑经特派礼官郑斌、户官吴慎两人赶赴金门，将金厦总制印交付郑泰，并向郑泰转达郑经的命令说：“经将东行台湾，金、厦诸岛，烦伯总制。”郑泰受印后十分欢欣，厚待郑斌、吴慎两人。但郑泰心怀疑惧，总不敢至厦称谢。同月初四，郑经将刘国轩、黄安等眷口第一批载往台湾，郑泰稍稍释疑，方于同月初六亲往厦门谒见郑经。郑经待郑泰礼意倍厚，又嘱托郑泰要一心担当起固守金、厦的重任，郑泰对郑经的这一番“深情厚意”怦然心动，疑虑顿释。翌日郑经置酒邀泰议事，郑泰坦然从命。其实郑经早已布置甲兵暗伏于内。等到酒过三巡，郑经突然掷杯于地，甲兵立刻奔出，郑泰猝不及防，被当场擒住。郑泰大声疾呼：“我有何罪?”郑经立时沉下脸来，出示郑泰与黄昭图谋篡位的密信，郑泰一时语塞，无言以对。郑经立命郑泰自缢。并遣周全斌率舟师飞速进踞金门。