但蒋介石作此安排，是事出有因。早在日本投降前，美国方面曾派代表到重庆询问蒋介石继承人之事，蒋以自己身体健康尚未考虑作答。日本投降后，白宫又派人到南京旧事重提，蒋介石暂且以何应钦应付之。
不料，何应钦闻讯后，以为蒋介石念他劳苦功高，真将他列为了接班人，一时忘乎所以，想在黄埔系中“自成体系”，还想搞什么“何氏内阁”，触到蒋介石的痛处，因此被“贬谪”出局。
其实何应钦的出局已经早有预兆，在西安事变何应钦借机逼宫之后，蒋介石就开始有意培养陈诚取代何应钦，只是苦于陈诚资历不足，尚需要时间和机会。
1937年，抗日战争全面爆发，何应钦以军委会军政部长兼任第四战区司令长官。1938年1月何应钦任军委会参谋总长，仍兼任军政部长与第四战区司令长官，成为蒋介石的最高军事助手。
此间，何应钦参与了台儿庄战役的上层决策，指导和指挥了徐州会战，参与制订了武汉会战的计划。在其第四战区司令长官之职由张发奎接任后，他本人以参谋总长身份，往来于各战区、战场之间，先后参与指导了南昌、随枣、长沙和桂南、浙赣会战。
