天灾的影响也不可忽视。明末的大乱从陕西开始，这一点很有自然地理方面的道理。据说中国气候在明末进入了一个小冰河期，想必降雨区域普遍南移。从气象记载来看，就表现为陕西一带连续多年的大旱，动辄七八个月不下雨。在陕西那个靠天吃饭的地方，这意味着大面积的饥荒。明朝曾有人观察到一个现象：江南的米价从每石四五钱银子涨到每石一两五到二两银子的时候，路上就可以看到饿殍了。而在李自成造反前后，陕北的米价在每石六两到八两银子的超高价位徘徊不落，与此相应的就是饿殍遍地和大量的人相食的记载。更何况陕西不比江南，底子本来就很薄，哪里架得住这样连年的天灾。
到了这种关头，官府应该做的是救济和赈灾，绝不应该继续加税压榨。而崇祯所做的正是加税，而且催逼严厉。《明史·流贼列传》记载说：当时陕西所征的名目有新饷、间架、均输，名目恨不得每天都有增加，而且腐败的吏胥们因缘为奸，民大困。李自成在造反的第一个版本中挨县官的板子，戴枷示众，就很好地体现了官府火上浇油的作用。
